Kristályterápia (azaz energetikai harmonizáló célzattal alkalmazott kristályok) elméleti és gyakorlati alapját szintén a bioenergetika alkotja. A szervezet elektromágneses tere reagál a kristály által keltett bioenergetikai, mágneses térre, illetve hatásra. Az energia- rezgéskülönbségből adódó negatív rezgésmintákat kioltja a kristály rezonanciája (rezgése), azaz, egyensúlyi állapotot teremt. Ezáltal tulajdonképpen egész szervezetünkben, vagy csak egy adott szervben (ahol energetikai eltolódás van), össz-rezgésszint emelkedést hoz létre.
Annyi negatív energiát tud lecsapolni a kristály, hogy egyensúlyba (esetleg pozitív túlsúlyba) kerülnek sejtjeink, és ez energia-rezgésszintemelkedést produkál az egész szervezetre nézve. Itt nincs fizikai behatás és ráhatás, a sejtek sejtintelligenciájuk révén azt, és annyi rezgésenergiát vesznek fel a kristály-ásvány energiájából, amennyire és amilyenre szükségük van.
Az üzletekben kapható kristályokat nem aktivizálta kristálygyógyász, így minden kezelés után meg kell tisztítanunk őket a testből átadott káros energiáktól. Ezt természetesen házilag is megtehetjük: a követ rakjuk bele tízszer annyi sóba, mint a saját súlya, egy tízdekás kristályhoz tehát egy kiló sóra lesz szükségünk. Mivel a só is kristályokból áll, képes magába szívni a másik kristály káros információit. Az eljárás végeztével a sót ki kell dobni!
A modern kristályterápia már másképp néz ki: a terapeuta a nemes köveket elhelyezi a testen, a kezelendő felületen. A kristályokat egy előre meghatározott sorrendben helyezik el, így energiamezőt alakítanak ki a test felületén, és könnyen helyreállítják a felborult rendet.
Rendszerint először egy hegyikristályt helyeznek el a beteg homlokán, majd az akupunktúrás meridiánpontok követik egymást.
A kristályterápia egy másik formája szerint, a nemes köveket több órára hideg vízbe helyezik, így a kövekben rejlő gyógyító rezgéseket a víz eltárolja. A vizet vagy megisszák, vagy a testrészekre locsolják. Mások megközelítés szerint az is elegendő, ha a megfelelő kristályt ékszerként viseljük, vagy a zsebünkben, esetleg táskánkban hordjuk.
